설계변경으로 인한 공사비 증가와 함께 공사기간도 변경되었을 때, 설계변경으로 인하여 증가된 간접비를 공기연장에 따른 간접비에서 공제를 해야 할 것인지 여부가 많은 쟁점이 되고 있다.
이와 관련하여 다음과 같이 상반된 법원의 판례가 존재한다.

‘설계변경으로 인한 계약금액 조정’과 ‘공기연장으로 인한 계약금액 조정’이 개념적으로 구별됨을 전제로 한 판결

설계변경으로 증액된 간접비(승률비용)는 공사기간의 변경을 수반하는지 여부에 관계없이 「정부 공사계약일반조건」 20조에 의해 설계변경으로 증감되는 직접공사비(공사량의 증감)에 계약비율로 연동되는 비용이고, 공기연장으로 추가되는 간접비는 동 조건 20조 설계변경으로 인한 계약금액의 조정 및 22조 물가변동으로 인한 계약금액의 조정에 의한 경우 외에 공사기간.운반거리의 변경 등 계약내용의 변경으로 계약금액을 조정하는 경우로써 「정부 공사계약일반조건」 23조의 규정에 따라 실비로 산출한 비용을 의미한다. 따라서 설계변경으로 증액된 간접비와 공기연장으로 추가된 간접비는 각각의 관련조항에 따라 별개로 산출된 서로 다른 비용이라는 논리이다. 이와 같은 개념으로 서울고등법원은 ‘설계변경으로 인한 계약금액 조정과 공사기간 연장으로 인한 계약금액 조정은 조정사유와 조정금액 산정방법 등이 전혀 다를 뿐만 아니라 설계변경으로 인한 계약금액은 종전의 공사기간을 전제로 한 것이기 때문에 공사기간 연장에 따른 계약금액 증액이 반영되었다고 볼 수는 없다.’(서울고등법원 2016. 7. 15. 선고 2015나2006713 판결)라고 판시하였다.

물량증가를 수반하는 설계변경이 공사기간 연장에 영향을 미쳤다면 연장된 공기를 전제로 산정된 간접비에서 설계변경으로 인한 간접비는 공제되어야 한다는 판결

서울고등법원은 2014나 2033107 판결에서 ’설계변경 등으로 증액된 공사비에 반영된 간접공사비는 공사기간 연장을 직접 원인으로 한 간접공사비를 산정함에 있어서는 이를 공제함이 타당하다.’고 판단한 바 있다.